Bývalá synagoga ve Čkyni z r. 1828 je - spolu se synagogou v Bechyni - nejstarší dochovanou židovskou svatyní v jižních Čechách, jedinou synagogou na okrese Prachatice a jednou z posledních zachovaných vesnických synangog v Čechách vůbec. Jde o rozměrnou (masivní) jednotraktovou stavbu v prostém klasicistním slohu, v níž je situována hlavní a zimní modlitebna a několik dalších místností. Budova byla v minulosti po architektonicko-umělecké stránce znehodnocena přestavbou a adaptací na obytný dům a řemeslnou dílnu, což postihlo hlavní modlitebnu. Na druhé straně se zase díky tomuto využití vůbec dochovala a nestihl ji osud mnoha jiných synagog, které byly pro zchátralost demolovány.

  Ing. Arch. František Petrlík z Českých Budějovic vypracoval plán rekonstrukce čkyňské synagogy, který ji po duchovní a architektonicko-umělecké stránce plně rehabilituje. Budova byla až do srpna 1989 v majetku pana Španingera, který ji zdědil po svých předcích. 17.8.1989 byla prodána do vlastnictví Jednoty, spotřební družstvo Vimperk. Dne 15.1.1991 byla synagoga vykoupena z prostředků tehdejšího krajského památkového útvaru do vlastnictví obce Čkyně a za finanční podpory Židovské obce Praha vypracován projekt záchrany a uvedení synagogy do původního stavu. Toto zajišťovala Společnost pro obnovu synagogy ve Čkyni, která ve spolupráci s Obcí Čkyně zahájila roku 1992 rekonstrukci. Po finanční dotaci Okresního úřadu Prachatice následovaly dotace Střešního fondu a dále se na rekonstrukci podílejí sponzoři, donátoři i drobní dárci. Dnes jsou odstraněny rušivé prvky účelové přestavby, připravena nová okna, upraveno okolí a malá stavba, dokončena nová střecha.

  Synagoga se nachází ve středu obce a je její dominantou, její dlouhotrvající rekonstrukce nepěkně poznamenává její vzhled. Rekonstrukce je velmi dobře uskutečnitelná podle stavebně-uměleckého průzkumu, který byl proveden r. 1990 Dr. ing. Janem Mukem. Záměrem Společnosti je, Aby tato synagoga sloužila po rekonstrukci jako regionální židovské muzeum jižních Čech, výtvarná galerie se stálou výstavou malířů blízkých okresu Prachatice, a víceúčelové kulturní zařízení, včetně knihovny se zaměřením na židovskou tematiku a koncertní i přednáškové síně. Vybavení muzea židovské kultury by se mělo dít jednak z vlastních sbírek Společnosti, která mj. vlastní několik unikátních předmětů z původní synagogy, a jednak ze sbírek pražského Židovského muzea, které je ochotno zapůjčit je k trvalé prezentaci. Provozovatelem celého kulturního zařízení by měl být Okresní úřad Prachatice, správa by měla být v kompetenci Obecního úřadu Čkyně, náplň a kulturní využití je schopna naplnit naše Společnost pomocí našivh kontaktů a sítí příznivců, v úzké spolupráci s oběma subjekty. Celkový náklad rekonstručních prací je odhadován na zhruba 7 milionů korun, další náklady, tj. vybavení mobiliářem a výzdoba interiérů, obnova původních maleb a nápisů, úprava zahrady a dvora, oplocení a zabezpečení objektu, lze odhadovat na 3 miliony korun. Dnes jsou odstraněny dodatečné stavební úpravy, dokončena nová střecha, opraven strop hlavní modlitebny a podlaha tamtéž, osazena nová okna v obou modlitebnách.

  Zrekonstruovaná synagoga bude vhodně navazovat na již dokončený židovský hřbitov, jenž je jako cenná památka uveden v celostátních i mezinárodních příručkách a tedy poměrně hodně navštěvován. Dosud jsme nuceni odkazovat zahraniční návštěvníky na fotografickou dokumentaci, přičemž zachovalá schránka na tóru a část iluzivního oltáře jsou svého druhu unikáty, budící značný zájem.